Лично меня только что укусил этот выбор. Я пошел по маршруту NSUInteger и только что потратил ЧАСЫ, изучая неясную ошибку.
У меня был код, который выбрал случайное число и вернул NSUInteger. Код для полагался на переполнение номера. Однако я не ожидал, что размер числа будет варьироваться между 32-битными и 64-битными системами. Остальная часть моего кода предполагала (неверно), что число будет иметь размер до 32 бит. В результате код отлично работал на 32-битных устройствах, но на iPhone 5S все развалилось.
Нет ничего плохого в использовании NSUInteger, однако стоит помнить, что диапазон чисел значительно выше, поэтому учитывайте динамизм в любой математике, которую вы делаете с этим числом.