Я предполагаю, что оба набора содержат объекты одного типа.
Тогда это зависит от того, можете ли вы полагаться на внутреннее сравнение элементов или вам нужен какой-то другой тип сравнения.
Apache CollectionUtils имеет супер-сладкий метод isEqualCollection
публичная статическая логическая isEqualCollection (java.util.Collection a, java.util.Collection b)