Проблема в том, что вы используете двойные кавычки (") в неправильных местах, а иногда и вовсе. Вы должны использовать двойные кавычки вокруг всех ваших значений параметров. Например ...
"-Dfile=C:/Users/xxx/Development/WIP/Alfresco/common/jars/alfresco/3.1/lib/alfresco-repository-3.1.jar"
... должно быть ...
-Dfile="C:/Users/xxx/Development/WIP/Alfresco/common/jars/alfresco/3.1/lib/alfresco-repository-3.1.jar"
... и ...
-Dversion=3.1
... должно быть ...
-Dversion="3.1"
Разные командные строки разных ОС будут несовместимо обрабатывать первые версии, но если вы заключите в двойные кавычки только значение каждого параметра, вы получите желаемое поведение. Вся ваша команда должна выглядеть так ...
mvn install:install-file -DgroupId="alfresco" -DartifactId="alfresco" -Dversion="3.1" -Dpackaging="jar" -Dfile="C:/Users/xxx/Development/WIP/Alfresco/common/jars/alfresco/3.1/lib/alfresco-repository-3.1.jar" -DgeneratePom="true" -e
Я признаю, что в них нет необходимости, но это хорошая привычка.