Если вы используете ArcSDE, тогда ваше единственное решение - использовать ArcObjects ESRI на языке .NET по вашему выбору.
Кажется странным иметь комбинацию MapServer (я предполагаю, что это OpenSource MapServer?) И SDE.
Если вы храните функции в SQL Server 2008 (или Oracle, или PostGIS), тогда у вас есть больше возможностей редактирования - но тогда вы теряете функции SDE, такие как более сложные типологии, управление версиями и т. Д.