Не воспроизводится здесь:
>>> import csv
>>> data = open("file.csv", "wb")
>>> w = csv.writer(data)
>>> w.writerow(['word1', 'word2'])
>>> w.writerow(['word 1', 'word2'])
>>> data.close()
>>>
[1]+ Stopped python2.6
$ cat file.csv
word1,word2
word 1,word2
$
Что вы видите, когда делаете именно это (или эквивалент окна, control-Z, чтобы выйти из интерпретатора, где я это сделал, для supend интерпретатора и получить приглашение оболочки)? Какая точная среда и версия Python?