Зачем вам нужен файл .war в вашем Subversion без скомпилированных исходников? Смысл .war (веб-архива) в том, что его можно развернуть на сервере.
Если вы решили архивировать свои пакеты Java (.jar, .war, .ear) с помощью subversion, делайте это в полной и окончательной версии, которую вы также использовали бы для своих приложений на производственных / тестовых серверах. Весь смысл их архивирования заключается в том, чтобы сохранить версию пакета, которую можно использовать / развертывать / ... как есть, без дальнейшего вмешательства.
Я бы посоветовал вам сохранять только основные версии / выпуски / ветки ваших пакетов Java на subversion. Незначительные выпуски могут быть легко построены ad hoc, поэтому нет смысла их архивировать.
И когда у вас весь проект подвергнут подрывной деятельности, также нет проблем управлять клиентским контентом, таким как html, css, ....