вы можете использовать ftp_rawlist () . получить элементы, которые начинаются с "d" (означает каталог), например
$ftp_server="someserver";
$ftp_user_name="someuser";
$ftp_user_pass="somepassword";
$conn_id = ftp_connect($ftp_server);
$login_result = ftp_login($conn_id, $ftp_user_name, $ftp_user_pass);
if ((!$conn_id) || (!$login_result)) {
echo "FTP connection has failed!";
echo "Attempted to connect to $ftp_server for user $ftp_user_name";
exit;
} else {
echo "Connected to $ftp_server, for user $ftp_user_name";
$buff = ftp_rawlist($conn_id, '/');
$dirs = preg_grep("/^d/",$buff);
print_r($dirs);
}