Это можно сделать с помощью sql, а не с php.
Я предполагаю, что вы используете MySQl, но те же принципы будут работать с разными базами данных.
сделать столбец Домен первичным ключом. (имеет смысл, поскольку он должен быть уникальным.)
Вместо использования INSERT используйте UPDATE.
если первичный ключ уже существует (который вы пытаетесь поместить в таблицу), обновление обновит существующий кортеж, а не создаст новый кортеж.
, поэтому вы перезапишете существующие данные, если они отличаются, и если они идентичны, обновление будет пропущено.