Не могу понять, почему это не должно работать. Попробуйте и попробуйте, и если появятся какие-либо ошибки, опубликуйте их здесь.
Возможно, вы можете попробовать добавить parentApplication перед сценой в методе MessageWindow, как это ..
parentApplication.stage.addEventListener(MouseEvent.MOUSE_DOWN,onClick);
, а затем вызвать метод undock () из метода onClick ()