Если проект, который вы разрабатываете, будет с открытым исходным кодом, вы всегда можете разместить его на Google Code , что позволит вам использовать Subversion, Mercurial или Git, все это отлично, бесплатный контроль исходного кода системы.
Если это не открытый исходный код, вы можете легко найти компании, которые предоставляют решения для управления размещенным исходным кодом, а в некоторых из них даже есть бесплатные программы. Я могу лично порекомендовать Project Locker, который предоставляет бесплатный уровень обслуживания для небольших проектов и предоставляет Git и Subversion.
Bitbucket также имеет очень хороший уровень бесплатного обслуживания с Mercurial и Git.
Разработка для GAE не привязывает вас к какой-либо системе управления версиями, поэтому используйте ту, которая вам удобнее и удобнее, но слава вам, что вы вообще ее используете. Я не могу сказать вам, сколько раз люди из связанных с GAE групп Google спрашивали о том, как вернуть свой развернутый исходный код, потому что они потеряли свою копию исходного кода.