32-разрядная версия Windows запускает 16-разрядные приложения с помощью wowexec.exe, а Win64 запускает 32-разрядные приложения с помощью wow64. Поэтому без wow64 ваша программа не сможет создать универсальный лаунчер для Windows. (Примечание: Mac OSX в любом случае поддерживает множественную архитектуру в одном двоичном файле)
Лучший подход, который я могу выяснить, - это создать один установочный пакет MSI и поместить в него оба файла 32/64.