Да, вы можете скомпилировать проект с помощью Flash Builder 4. ISTR либо обновил параметры моего проекта в автоматическом режиме, либо я мог преобразовать проект.
В любом случае, если вы пытаетесь одновременно использовать Flex Builder 3 и Flash Builder 4, следует помнить, что хотя бы один из внутренних файлов параметров проекта eclipse & FB (.actionScriptProperties, .flexProperties & .project) изменил формат между FB3 и FB4 - я не могу вспомнить, какие именно изменились с моей головы.
Это будет влиять на ваш рабочий процесс разработки.
Ранее я использовал Flash Builder 4 в проекте, в то время как остальная часть команды использовала Flex Builder 3. Всякий раз, когда они обновляли свой проект, у меня возникало много проблем с конфликтами по крайней мере в одном из указанных выше файлов. Всякий раз, когда это происходило, я просто принимал версии файлов FB3 и позволял FB4 внутренне заниматься обновлением формата. Если бы мне как-то нужно было внести изменения в эти файлы (например, добавить новый класс), я бы либо попросил другого члена команды сделать это, либо использовал FB3 для добавления файлов, либо просто вручную отредактировал файл. Раздражает, но не конец света.
YMMV.