Я не могу особо помочь вам в вашем вопросе, кроме как сказать, что я не слышал ни о каком таком инструменте, и что я был бы очень удивлен, если бы он действительно существовал.
Хотя я думаю, что jQuery - отличная библиотека, и вы правы в том, что хотите использовать только одну библиотеку, просто помните, что затраты на изменение всех ваших скриптов составят много-много часов работы. Стоимость загрузки пользователями дополнительных 30 КБ сценариев составит примерно 0,3 секунды. Возможно, постарайтесь постепенно прекратить использование Прототипа и проводить рефакторинг существующих страниц только тогда, когда а) вам это нужно или б), если вам нечего делать.