Причина в том, что существует разница между Flex Builder (программой, используемой для создания приложений Flex) и Flex Framework.
Flex Framework - это набор классов и компонентов, основанных на ActionScript, которые расширяют то, что уже есть. Flex Builder имеет доступ ко всему коду в Flex Framework, а Flash Professional - нет.
Вот почему, например, ключевое слово [Bindable] не работает во Flash - весь код, который заставляет его магически работать в приложениях Flex, не существует во Flash.
Тем не менее, они прошли долгий путь к интеграции двух. Прямо сейчас вы можете создать компонент в Flash CS5 и поместить его в Flash Builder (недавно они переименовали Flex Builder в Flash Builder) и использовать его - но все еще невозможно взять файл .mxml из Flash Builder и скомпилировать его во Flash.
Надеюсь, это поможет, я знаю, что различия могут быть хитрыми.