Какую версию Eclipse вы используете? В 3.5 (Galileo) по умолчанию DTD для HTML / XHTML будет храниться как локальный файл, и у вас не возникнет такой проблемы.
Вы также можете отключить проверку XML, но будет отключена не только проверка DTD, но и вся проверка XML.
РЕДАКТИРОВАТЬ: проверьте Предпочтения -> XML -> Каталог XML и убедитесь, что файл уже ссылался на локальный файл. Если нет, вы можете добавить его самостоятельно