Я не знаком с StructureMap.В любом случае вам нужно иметь список типов, реализующих IModule, затем вы создаете объект каждого типа в списке.
Чтобы получить список типов динамически, он может быть:* Для создания экземпляров типов:
IModule[] instances = (
from type in types
select (IModule)Activator.CreateInstance(type))
.ToArray();