FPDF не поддерживает символы Юникода, поэтому это может быть причиной вашей проблемы. Есть расширение, которое вы можете попробовать на http://acko.net/node/56, или вы можете переключиться на другую библиотеку PDF-генератора (я рекомендую TCPDF ).
Или вы можете попробовать использовать iconv для преобразования текста из UTF-8 в поддерживаемый набор символов (т. Е. $str = iconv('UTF-8', 'windows-1252', $str);
), если вы хотите придерживаться FPDF.