Возможно, у вас возникла какая-то проблема в другом месте, или есть агрессивный блокировщик всплывающих окон, который блокирует новое окно, потому что следующий короткий пример отлично работает в моих браузерах (Chrome и Firefox):
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=UTF-8"/>
<title>Google Maps API InfoWindow Demo</title>
<script src="http://maps.google.com/maps/api/js?sensor=false"
type="text/javascript"></script>
</head>
<body>
<div id="map" style="width: 400px; height: 500px;"></div>
<script type="text/javascript">
var map = new google.maps.Map(document.getElementById('map'), {
zoom: 4,
center: new google.maps.LatLng(-25.36388, 131.04492),
mapTypeId: google.maps.MapTypeId.ROADMAP
});
var infowindow = new google.maps.InfoWindow();
infowindow.setContent('<a href="http://www.google.com/maps?'+
'daddr=Aliso+Viejo,+CA" target="_blank">Driving Directions</a>');
var marker = new google.maps.Marker({
position: map.getCenter(),
map: map
});
google.maps.event.addListener(marker, 'click', function() {
infowindow.open(map,marker);
});
</script>
</body>
</html>