Что касается 1): я думаю, вы не можете. Там могут быть инструменты, но вы не можете сделать это с помощью стандартных инструментов, поставляемых с JDK, так как это разрушит независимость платформы. (См. Другие ответы, содержащие ссылки на такие сторонние инструменты)
Что касается 3): используйте InnoSetup для создания установщика. Включите JRE в настройку и дайте InnoSetup установить его на лету.