Вы используете 6.16? В предыдущих версиях существовала проблема, которая может привести к тому, что таблица меню не будет перестроена на 100%, поэтому в 6.16 была введена структура блокировки.
Я сам сталкивался с этой проблемой, когда разделы раздела администрирования исчезают, и очистка кэша или вызов menu_router_build () - единственный способ вернуть его.