Да. Если вы используете ResourceServlet, вы можете просто удалить новую версию Dojo в каталог верхнего уровня вашей структуры WAR. ResourceServlet всегда ищет там, прежде чем он смотрит на путь к классу, таким образом, ресурсы на верхнем уровне WAR имеют приоритет. Я бы предложил использовать полностью несжатый дистрибутив исходного кода Dojo во время разработки, а затем сделать пользовательскую сборку, адаптированную к вашим шаблонам использования для производства.
Помните, что при обновлении версий Dojo мы иногда сталкивались с незначительными несовместимостями, так что следите за этим и сообщайте о любых проблемах в Web Flow Jira.
Я подозреваю, что мы будем обновляться до Dojo 1.4 в официальном выпуске для следующего выпуска Spring Web Flow 2.1.