Расширьте класс System.Web.UI.WebControls.HyperLink и переопределите свойство UniqueID, чтобы получить фактический идентификатор:
override string UniqueID { get { return ID; } }
Используйте этот новый пользовательский элемент управления в шаблоне элемента повторителя.
<MyPrefix:MyHyperLink ID="IDOfYourHyperLink" ... />
На ItemDataBound do:
(e.Item.FindControl("IDOfYourHyperLink") as MyHyperlink).ID = NowIKnowWhatToUseHere;