Если вы уверены, что можете использовать свое приложение так, чтобы оно использовало все файлы jar, вы можете создать простой сценарий perl:
while (<>) {
$l{$1}++ if m/\s+from\s+(.+\.jar)/;
}
for $l (keys(%l)) {
print "$l\n";
}
(давайте назовем его list_jars.pl) и передадим ему вывод подробного прогона:
java -verbose -jar YOUR_APP.jar | perl list_jars.pl
, который должен перечислить все источники загруженных классов.