вы должны добавить таблицу в БД, которая будет связывать таблицу пользователей и таблицу сообщений
с полями:
ИД пользователя, сообщение, статус
теперь, когда вы вошли в систему, вы просто делаете
select * from messages where status='new' and userid='[userid_here]'
когда пользователь читает это сообщение, вы просто меняете строку состояния на что-то другое
как "старый"
таким образом вы можете показывать только те сообщения, которые пользователь не прочитал.