Это было очень просто - я обнаружил, что могу установить базовый путь вида в своем конструкторе:
$this->view->setBasePath("../application/site_1_view/views");
Таким образом, в public/index.php
я определяю URL-адрес, задаю его в сеансе, определяю имя из моей БД, затем использую имя для установки базового пути:
$this->view->setBasePath("../application/".$siteName."/views");
Итак, структура приложения теперь:
application
controllers
model
site_1_view
views
scripts
controllerName
ActionName
site_2_view
views
scripts
controllerName
ActionName