Не существует такой вещи, как база данных xml с плоскими файлами. Плоские XML-файлы не являются базами данных, так как не имеют более высоких функций, таких как индексы, - развлекайтесь с большими наборами данных и поиском или аналитическими запросами без какого-либо индекса.
XML-базы данных являются еще одной темой и могут иметь свои потребности (управление контентом, хранение документов в целом - сложные схемы, которые вам не слишком важны с точки зрения базы данных).
Плоские файлы хороши для таких вещей, как настройки (более мелкие файлы), но настоящая база данных - это настоящая база данных. Условия ACID трудно гарантировать для плоских файлов.