System.Xml - это GAC, вы ссылались на версию System.Xml для Silverlight? Если это так (по причинам, которые мне не известны!), Вам необходимо убедиться, что для CopyLocal установлено значение true для этой ссылки на сборку, иначе при сборке он не будет выдвинут на вывод.