Ну, вы всегда можете запустить версию в программе установки (если вы ее использовали) и запустить ее, исходя из моего опыта, она перекрывает старые версии с более новой.
Или вы можете просто закрыть службу, скопировать новый .exe (и зависимости, если таковые имеются) и запустить его обратно. Все это может быть сделано с помощью сценариев и функций запуска / остановки NET, которые я себе представляю.
Я уверен, что есть лучший способ сделать это, чем этот ...