Если в вашей системе установлен HPET, он должен быть указан в диспетчере устройств и, следовательно, где-то в реестре.Я бы посмотрел, есть ли там где-нибудь ключ, обозначающий HPET.Я сейчас не в win32, но msdn упоминает HKEY_LOCAL_MACHINE \ Drivers \ Active.
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/aa447470.aspx