Муравей и мавен - две альтернативы, которые обычно используются. То, что считается лучшим, будет отличаться от проекта к проекту, а также часто от разработчика к разработчику.
У вас есть другие варианты, такие как Gant и Gradle. Мой личный фаворит - Gradle, поскольку он использует синтаксис Groovy и предлагает преимущества Maven, не заставляя вас что-либо делать.