"Стоит ли использовать эти методы конфигурации в модели?"
Да, конечно, только для того, чтобы вы не писали одни и те же геттеры и сеттеры на каждом контроллере, который имеет дело с вашей таблицей настроек конфигурации. Напишите ваши методы получения и установки один раз (в идеале обобщенно в MY_Model) и запишите ваши сложные запросы один раз в модель, а затем вызовите их во всех нужных библиотеках, контроллерах или представлениях.
Используя модели, вы можете кодировать интерфейс, а не реализацию.
Это означает, что выгода от абстрагирования вашей модели от контроллера заключается в том, что ваши контроллеры могут не знать, как хранятся ваши данные. Вы можете решить переключить ваши данные из базы данных в XML-файлы в INI-файлы, если методы моделей последовательно предлагают результаты в формате, который ожидает контроллер. Короче говоря, когда вы переключаете свой источник данных, вам нужно будет только обновить внутренние методы вашей модели, а не ваши контроллеры.
Наконец, по правилам MVC, я считаю, разрешено, чтобы представления запрашивали данные непосредственно из моделей. Для этого вы можете создать помощники CodeIgniter для использования в представлениях, которые используют модель для извлечения параметров конфигурации, почти так же, как работает стандартная функция config_item ().