Результаты правильно реализованного БПФ по существу идентичны результатам правильно реализованного БПФ (они отличаются только ошибками округления). Как уже отмечали другие, главное отличие заключается в производительности. DFT имеет O (n ^ 2) операций, в то время как FFT имеет O (nlogn) операций.
Лучшая, самая читаемая публикация, которую я когда-либо нашел (к которой я все еще обращаюсь), это Быстрое преобразование Фурье и его приложения Э. Бригама. Первые несколько глав дают очень подробный обзор непрерывных и дискретных форм преобразования Фурье. Затем он использует это для разработки быстрой версии DFT, основанной на алгоритме Кули-Тьюки для оснований radix-2 (n - степень 2) и случаев смешанного радиуса (хотя последний является несколько более мелкий трактат, чем прежний).
Базовый подход в алгоритме radix-2 для выполнения операции линейного времени на входе X и рекурсивного разбиения результата пополам и выполнения аналогичной операции линейного времени на двух половинах. Случай смешанного радиуса аналогичен, хотя вам нужно каждый раз делить X на равные части, поэтому полезно, если n не имеет больших простых множителей.