R segfault при запуске через Rpy на Linux

Question

Я использую R через Rpy в дистрибутиве RedHat Linux. Периодически я сталкиваюсь с этим сообщением об ошибке:

*** caught segfault ***
address (nil), cause 'unknown'

И вся программа тут же умирает. Обычно это происходит, когда у меня много регрессии r.lm(). Но при повторном запуске идентичного кода проблема может исчезнуть или не исчезнуть (поэтому не всегда воспроизводимая). Кто-нибудь знает, что может быть причиной, и / или как я могу предотвратить это?

Answer 1

Есть несколько возможностей.

1. Проблема в коде R. Чтобы проверить это, запустите код на самом R и посмотрите, сможете ли вы повторить проблему.

2. Проблема с Rpy. Запустите программу в отладчике и посмотрите, что именно вы передаете от Python к R и от R к Python. Возможно, у вас есть какое-то несоответствие переменных, которое возникает только при определенных условиях.

3. Проблема связана с окружающей средой. Нужно ли загружать какое-то другое программное обеспечение для запуска программы? Работает ли он один раз, а потом перестает работать при следующем запуске? (Возможно, вы не закрываете соединение с файлом?) Не получается ли это на чужих машинах или только на ваших?

4. Проблема с данными. Вы случайно генерируете что-нибудь? Это объясняет непостоянную природу проблемы.

Если вы все еще застряли, прочитайте несколько советов по отладке .