Предполагая, что вы правильно установили ограничения ForeignKey и создали мапперы:
q = Session.query(Articles).filter(Articles.article_id == ArticleTags.article_id).\
filter(ArticleTags.tag_id == Tags.tag_id).\
filter(Tags.name == 'tag_name')
Если вы установили отношение «многие ко многим», это еще проще:
q = Session.query(Articles).filter(Articles.tags.any(name = 'tag_name'))
Еще несколько примеров запросов, связанных с блогами, смотрите здесь .
Если вы используете язык выражений sql, он должен быть переведен напрямую.