Я не знаю, существует ли официальное «правильное» поведение, но лично я нахожу наиболее интуитивно правильным, когда колесо мыши перемещается к окну, над которым в данный момент находится указатель мыши, без необходимости явно фокусировать его. Однако это не стандартное поведение, и кажется, что около половины приложений, которые я обычно использую, делают это в одну сторону, а другая половина - в другую.
Чтобы получать сообщения колесика мыши без фокуса, вам необходимо реализовать хук мыши.