Вместо того, чтобы использовать таблицу соединения, как это было бы с rdbms, у вас будет одна ColumnFamily, содержащая строку для каждого X и список Y, связанный с ним, затем CF, содержащий строку для каждого Y и список каждый X связан с ним.
Если выясняется, что вас не интересует ни одно из этих направлений, оставьте только тот CF, о котором вы заботитесь.