DOH! Я решил одну проблему, я использовал node [shape = record
, record
не подходит, если я использую метки HTML. Переход от «записи» к «незашифрованному тексту» избавил меня от дополнительной коробки и устранил некоторые другие проблемы, которые у меня были с именованными портами.