Вы не можете отключить только часть базового интерфейса, весь он отключен. Когда ChildWindow активен, ни один из элементов управления нижележащего пользовательского интерфейса не получит события мыши или клавиатуры.
Невозможно ограничить ChildWindow другим Root, оно всегда внедрено на уровне управления Silverlight.