Netbeans позволяет сортировать методы в навигаторе. Лично я никогда не видел смысла в сортировке методов в коде. Когда это возможно, мне нравится держать методы вместе, которые работают вместе. Например, getter () и setter (). Поэтапный поиск или возможность щелчка по методу для перехода к объявлению гораздо полезнее, ИМХО.