Вы можете указать исключения для файлов * .java в свойствах проекта / пути сборки / в настройках источников. Однако в этом случае * .java не будет скопирован в целевую папку, поэтому эти ресурсы не будут доступны во время выполнения classpath. Чтобы обойти это, после добавления исключений вы можете добавить пользовательский компоновщик (например, скрипт Ant), который будет копировать файлы * .java.
В качестве альтернативы, вы можете использовать m2eclipse с проектом с поддержкой Maven и помещать ваши java-файлы в src / main / resources, чтобы все файлы из этой папки не были скомпилированы, но они были скопированы в результирующий путь к классам.
Кроме того, вы можете попробовать указать целевую папку в том же каталоге, что и исходная папка.