Это происходит потому, что вы используете смарт-карту, которая поддерживает «plug-and-play» под Windows 7. В этой ситуации Windows 7 автоматически попытается загрузить и установить «Мини-драйвер карты» для карты, когда она вставлен. Похоже, что устанавливаемый драйвер Mini Card вызывает противоречивое поведение.
Очевидный обходной путь - использовать карту, которая не поддерживает «plug-and-play» под Windows 7. Если это невозможно, вам нужно будет опубликовать дополнительную информацию о проблемах, которые вы видите, в частности, что какую смарт-карту вы используете, и какие команды ломаются после установки мини-драйвера карты?
Подробную информацию о технологии Smart Card Plug and Play в Windows 7 можно найти здесь:
http://technet.microsoft.com/en-us/library/dd979547(WS.10).aspx