Элементы управления Flash (и другие элементы управления на основе плагинов) в браузере находятся в плоскости, выходящей за пределы той, на которую может влиять z-index; их рендеринг не сочетается с другими z-индексированными элементами на странице.
Вы можете заставить браузер отображать div над элементом управления Flash, поместив элемент iframe за div. Браузер будет учитывать z-index для iframe, но поскольку iframe является полностью отдельным элементом окна, он будет отображаться над элементом управления Flash.
Таким образом, теперь у вас будет элемент Flash с z-index "x", div с z-index "y" и iframe с z-index "z", такие что x