Вы можете добавить MouseListener в окно и проверить, видна ли панель инструментов в событии mousePressed.Если панель инструментов не видна во время нажатия мыши, установите флаг на панели инструментов (что-то вроде «ignoreNextAction»).
На панели инструментов установите этот флажок в обработчике событий actionPerformed.
Сброс флага панели инструментов в событии mouseReleased в окне, чтобы следующий щелчок работал правильно.
Это предполагает, что событие mouseReleased в окне происходит после действия actionPerformed на панели инструментовне уверен насчет этого).В худшем случае вы можете работать с таймером, который сбрасывает флаг через 50 мс после события мыши.