Я открыл заявку в службу поддержки Flexera, чтобы докопаться до сути. Судя по их ответам, это проблема перевода с загрузчиком setup.exe. В InstallShield 2009, если для поля «Тип запуска установки» (на вкладке «Настройка» выпуска) задано значение Юникод, эта проблема может иногда возникать. Установка «Тип запуска установки» на ANSI, кажется, решает проблему. Кроме того, у меня не было проблемы в InstallShield 2010, поэтому они, возможно, уже исправили ее.
В качестве примечания мне сказали, что InstallShield 2009 был первой версией, которая позволила «Тип запуска установки» Unicode, поэтому эта ошибка, вероятно, была введена в этой версии. Предыдущие версии всегда использовали ANSI.