Не ответ на ваш конкретный вопрос, но вот некоторые отличные настройки, которые могут помочь.
"" Diff options; ignore whitespace.
set diffopt+=iwhite
Мне не нравится: diffon: diffoff, потому что они связываются с переносом слов (включается при выходе из diff) Поэтому я устанавливаю только diff, scrollbind, foldmarker и foldcolumn.
"" Diff 'd' {{{
nmap <silent> ,dd :set diff scb fdm=diff fdc=2<CR>
nmap <silent> ,dD :windo :set diff scb fdm=diff fdc=2<CR>
nmap <silent> ,do :set nodiff noscb fdm=manual fdc=0<CR>
nmap <silent> ,dO :windo :set nodiff noscb fdm=manual fdc=0<CR>
"nmap <silent> ,dd :diffthis<CR>
"nmap <silent> ,dD :windo :diffthis<CR>
"nmap <silent> ,do :diffoff<CR>
"nmap <silent> ,dO :windo :diffoff<CR>
nmap <silent> ,du :diffupdate<CR>
"" }}}
Кроме того, проверьте плагин DirDiff для определения деревьев каталогов, если вы еще этого не сделали ...