Как компилируется код, который вы разместили? Вы удосужились послушать мое предложение начать с простого кода? Проблема с вашим пользовательским JPanel или всеми JPanel '?
Почему бы вам не попробовать добавить 3 JPanels каждый с разным цветом фона и посмотреть, сработает ли это в первую очередь. Конечно, если это не сработает, но как только вы решите эту проблему, возможно, вы сможете использовать то же решение в другом классе.
Конечно, потому что вы не опубликовали надлежащую SSCCE, я просто догадываюсь, поэтому я не даю вам то, что я думаю, решение является прямым. Если вы собираетесь использовать угадать, на что похож код, вызывающий проблему, то вам нужно будет угадать и решение, учитывая предоставленные подсказки. И опять же, SSCCE не означает, что вы включаете полный код из пользовательской панели, это означает, что вы публикуете простой код, имитирующий проблему.