Хотя я использовал только Netbeans и XDebug для удаленной отладки, должна быть возможность использовать Eclipse PDT и XDebug. Смотри:
Одна оговорка, однако. Чтобы настроить xdebug, вам нужно изменить некоторые настройки в php.ini - я не уверен, будет ли это возможно на размещенном сервере. Если нет, вам потребуется локальный сервер, который вы используете для отладки, и вам нужно будет найти другое решение для вашей «производственной» среды. На самом деле это может быть не плохой идеей, поскольку это даст вам хорошее место для тестирования ваших изменений, не рискуя нарушить что-либо на вашем реальном сайте.
Кроме того, я рекомендую вам заглянуть в Netbeans, если только по какой-либо причине, чем экспериментировать, и посмотреть, что он может сделать по сравнению с Eclipse. Приятной особенностью является то, что вы можете настроить автоматическое изменение файлов ftp (или scp) на удаленный сайт. Таким образом, вы можете внести некоторые изменения в код, нажать кнопку отладки и, подождав немного времени для загрузки своих файлов, вы можете переходить по коду на удаленном сайте.