Если вы хотите полностью удалить репо из GitHub, для этого на странице администратора проекта есть опция «Удалить это хранилище». URL обычно что-то вроде:
https://github.com/<username>/<project>/edit
Если вы хотите удалить файлы из следующей версии репозитория, но сохранить их историю, то вам следует сделать что-то вроде:
git rm -r .
Если вы хотите исключить историю определенных файлов в репо, вы можете использовать git filter-branch
.