Вы можете использовать любую систему, какую захотите, если собираетесь использовать локальный репозиторий. Это зависит от того, что вы предпочитаете. Если вы собираетесь использовать CVS, вы можете использовать удаленный компьютер для обслуживания хранилища.
В любом случае вы захотите изменить свой процесс. Вам нужно получить копию вашего проекта из репозитория, затем закрыть его и зафиксировать изменения. Затем вы отправите измененные файлы на сервер, на котором они размещены.
Насколько рекомендации должны указывать, если вы новичок в управлении версиями, SVN или Git, вероятно, будут лучшим выбором, поскольку они кажутся самыми популярными (я использую SVN сам).