Кажется, вы неправильно понимаете жаргон Python. Термин «объект» в Python означает фактический экземпляр класса во время выполнения. Насколько я могу судить, у вас есть "подклассы" класса Shape, называемые ball, circle и triangle. Обратите внимание, что подкласс также является классом. Вы храните код для каждого такого подкласса в отдельном файле, и это нормально.
Я думаю, что вы запутались, потому что слишком рано концентрируетесь на файловом макете вашего проекта. С Python часто легче начать с одного файла, записывая в него все, что вам нужно (функции, классы и т. Д.). Просто заставь все работать в первую очередь. Позже, когда у вас есть рабочий код, и вы просто хотите разделить его часть на другой файл по организационным причинам, для вас будет намного более очевидно (для вас!) Это сделать.
В Python каждый класс не должен быть определен в своем отдельном файле. Вы можете сделать это, если хотите, но это не обязательно.